Bioinformatik i praksis - figurer
Her finder du figurer til Bioinformatik i praksis. Du kan læse mere om bogen her.
© Kopiering fra denne hjemmeside må kun finde sted på institutioner eller virksomheder der har indgået aftale med Copydan Tekst & Node og kun inden for de rammer der er nævnt i aftalen.
Figur 2
Oversigt over søgeindgange til NCBI.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 3
BLOSUM62-matrix, som bruges til at aligne aminosyrer.
Illustrator: Lotte Thorup
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 5
Et UPGMA-stamtræ af udvalgte arter inden for slægten flueblomst, hvor det intergenetiske område trnD-trnF er brugt til at tegne stamtræet.
Illustrator: Lotte Thorup
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 6
Neighbor-Joining stamtræ af slægten flueblomst (Ophrys).
Illustrator: Lotte Thorup
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 7
Et stamtræ uden rod og orientering. Der er flere evolutionære grene markeret med hver sin farve. Stamtræet er kendetegnet ved at vise den genetiske forskel mellem arterne i form af længde på grenene, som er meget nøjagtig.
Illustrator: Lotte Thorup
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 8
Myosin er et eksempel på en strukturfil. PDB ID: 2MYS.
Illustrator: Lotte Thorup
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 9
Stamtræ af udvalgte primater.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 10
Under NCBI kan der fx søges på forskellige nucleotider, proteiner eller strukturer.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 11
Efter et alignment af en sekvens er det muligt at tælle forskelle.
Illustrator: Lotte Thorup
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 12
Begreber der anvendes til at beskrive stamtræets opbygning.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 13
Den taksonomiske klassifikation baserer sig på en hierarkisk gruppeinddeling.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 14
Stamtræ der viser slægtskabet mellem de tre domæner bakterier, arkæer og eukaryoter.
I kasserne ses karakteristika for de enkelte domæner.
Illustrator: Lotte Thorup
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 15
Under Tip Labels vælges Names, så navnene kommer med på grene i stamtræet.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 16
Mulige stamtræer der illustrerer slægtskabet mellem nulevende elefanter og mammut.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 17
Søgning på flere sekvenser kan gøres med en asterix (*) som jokertegn.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 18
Vindue til at undersøge forskelle mellem sekvenser. Nucleotide Statistics vises, når der klikkes på %-fanebladet.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 19
Markering af gen til ekstraktion af en del af sekvensen.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 20
Navngivning af den ekstraherede gensekvens.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 21
Indholdet af mappen HIV’s udvikling efter ekstraktion af pol-gener. Filerne er sorteret efter størrelse.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 22
Translation af gen til protein. En slags virtuel proteinsyntese.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 23
Navngivning af aminosyresekvenser med et navn der passer til virustypen. Herved kan der konstrueres et stamtræ der viser HIV’s udvikling og navnene på de enkelte taxa ved grenenes spids.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 24
mtDNA fra bonobo.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 25
Tabel over arter der skal undersøges.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 26
Udvidet søgning på mtDNA mellem 16.000 og 18.000 baser langt.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 27
Markér og oversæt 23 gener til proteinsekvenser.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 28
Ved influenzavirus er der vigtigt at se, hvornår virusepidemierne har fundet sted. Sæt derfor Display til Description og øg tekstfeltets størrelse til 42 karakterer.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 31
Strudsefugle.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 32
Afstanden til den fælles stamform mellem moaerne Pachyornis mappini og P. australis kan kun beregnes som et gennemsnit af de to genetiske afstande og derfor anvendes et UPGMA-stamtræ, som er baseret på gennemsnit.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 33
Beregninger der ændrer genetisk afstand i form af en p-værdi til antal år.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 35
Moaer.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 36
Beregning af moaernes stamtræ med aldersangivelser for fælles stamformer.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 37
Søgning på alder for fælles stamform mellem to arter. Det kan i princippet være alle klassifikationsniveauer fx slægter eller familier. Her søges på alder for fælles stamform mellem kiwi og struds.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 38
Resultatet af søgningen på fælles stamform mellem kiwi og struds. Alderen er beregnet som en median og justeret. De sorte pletter viser aldersangivelser i forskellige videnskabelige tidsskrifter – fra ca. 38 mio år til ca. 97 mio år. Æoner, æraer, perioder, epoker og aldre er alle geologiske navngivninger af aldre. Ringene viser nedslag af asteroider og deres størrelse. Den gule kurve viser O2-niveauet, den orange kurve viser CO2-niveauet og den røde kurve viser solens lysstyrke.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 39
Upload af fil med arter til at danne et stamtræ med aldersangivelse.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 40
Stamtræ af strudsefugle med aldersangivelse.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 41
Den taksonomiske inddeling af gul snerre.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 42
Fundne planter i en indsamling.
Planterne er grupperet, så planter samles i højere taksonomiske niveauer efterhånden som de hører til samme slægt, familie, orden, klasse og division.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 43
Stamtræ ud fra planternes taksonomiske inddeling eller deres klassifikation.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 44
Forskellige geners anvendelighed i taxonomi.
Den grå markering viser, hvor det er vanskeligt inden for kerne-DNA at adskille taxa.
? indikerer, at genet ikke er meget brugt. En stiplet linje indikerer grænsen for anvendelsesområde.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 45
Søgning på en planteart i øverste søgefelt og rbcL (RUBISCO-genet) nederst.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 46
Sekvensnavne omdøbes til danske plantenavne.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 47
ylogenetisk stamtræ tegnet af Geneious Prime på baggrund af genet for Rubisco.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 49
Hæmgruppen kan binde og transportere O2.
Illustrator: Hanne Wolff
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 50
O2 transporteres fra lungerne, via hæmoglobin i de røde blodceller og myoglobin i musklerne, til de celler der mangler O2.
Illustrator: Lotte Thorup
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 51
Hæmoglobin.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 52
Hæmoglobins kvarternærstruktur hvor de fire kæder er farvet så A er gul, B er grøn, C er blå og D er rød.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figua 53a
Hæmoglobin og myoglobin (lyseblå).
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 53b
Myoglobin ligner kæde D i hæmoglobin.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 53c
De største forskelle mellem myoglobin og hæmoglobins D-kæde findes i de turns/coils, der er mellem de enkelte α-helixer.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 55
De fire kæder i hæmoglobin. Den ene kæde gemmes som en særskilt fil ved brug af funktionen Extract.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 56
Et alignment af primærstrukturen i kæde D i hæmoglobin og i myoglobin. Primærstrukturen er meget forskellig, men alligevel er den rumlige opbygning af tertiærstrukturerne ens.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 58
a. Hæmocyanin uden O2 bundet.
b. Hæmocyanin med O2 bundet.
Illustrator: Hanne Wolff
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 59
Proinsulin spaltes til det færdige peptidhormon insulin og et C-peptid.
Illustrator: Lotte Thorup
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 60
UniProt tilgås fra Geneious Prime.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 61
Peptidsekvensen med annotationer.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 63
Annotationer for sekundærstruktur ɑ-helix (lyserøde rør), β-foldeblade (gule pile) og turns/coils (blå pile).
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 65
Signaturforklaringer for annotationerne. I parentes ses antallet af hver type.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 66a
Markering af disulfidbindingens begyndelse.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 66b
Markering af disulfidbindingens afslutning.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 67
Grafikon.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 68
Alignment af humant insulin og griseinsulin.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 69
Variant viewer på UniProt.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 70
Åbning af strukturfiler fra PDB foretages ved at anvende kommandoen open efterfulgt af strukturfilens navn.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 71
ChimeraX viser det, der ses i strukturfilen.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 72
For at skjule dele af filens informationer vælges de dele der skal ændres i menuen Select. Bagefter foretages ændringen i menuen Action.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 73a
Matchmaker findes under Structure Analysis.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 73b
Valg af fil der skal være referencestruktur.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 74
Bakterier indeholder, udover hovedkromosomet, små ringformede stykker DNA der kaldes plasmider.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 76
Plasmid. I tekstboksen er der informationer om araC-genet.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 77
BLAST-søgning i Geneious Prime. Der kan enten søges fra programmet (NBCI via Geneious) eller via website (NCBI via Website). Brug websitesøgningen, hvis det ikke fungerer fra programmet. Ved websitesøgning skal Database sættes til Protein Data Bank (pdb).
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 78
Resultat af BLAST-søgning.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 79
Indsættelse af Bio-Rads sekvens i en ny fil.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 80
Markering af område hvor der er forskel på de to sekvenser.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 81
For at søge på NCBI-sekvenser skrives sekvensens Accession number.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 82
SnapGene Viewer foreslår at ændre udseendet af et plasmid til at være cirkulært.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 83
Import af plasmid i SnapGene Viewer giver mulighed for at gemme filen på computeren.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 84
Markering af resistensgen i plasmidet pUC18.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 85
Når generne i plasmidet koder i revers retning, kan det justeres ved at gemme sekvensen i den modsatte retning.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 86
Uanset om man søger på NCBI via Geneious eller via webside, skal databasen være Protein Data Bank (pdb).
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 87
Alignment af BLAST-søgningens resultat og translationsfilen fra pUC18 af en del af lactase (LacZα).
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 89
Indisk gås kan binde O2 til hæmoglobin ved et lavere tryk end grågås.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 90
Alignment af proteinsekvenser i gæs.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 91
Sekvenserne for hæmoglobin ɑ-kæden. Den grønne linje øverst viser hvor der er forskelle mellem aminosyrerne.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 92
Udsnit af figur 91. Indisk gås har, på position 120, A (alanin) i stedet for P (prolin). I det funktionelle protein er det aminosyre 119 som er forskellig, fordi startkoden M (methionin) klippes fra.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 93
Kemisk struktur af aminosyrerne alanin, valin og prolin.
Illustrator: Hanne Wolff
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 94
Markering af aminosyresekvensen af α-hæmoglobin for indisk gås. BLAST-søgning findes i værktøjslinjen.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 95
Uanset om man søger på NCBI via Geneious eller via webside, skal databasen være Protein Data Bank (pdb).
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 96
Resultat af BLAST-søgning på α-hæmoglobin hos indisk gås.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 97
Strukturfilen af hæmoglobin fra Anser anser. De funktioner der er refereret til i teksten, er markeret på figuren med røde cirkler.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 98
Markering af aminosyre nummer 119, prolin.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 99
Måleværktøjet i Geneious Prime.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 100
Lokalisering af β-55-Leucin.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 101a
Andesbjergene i Sydamerika.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 104
Navne på virus vises ved klik på Tip Labels og Organism. Den genetiske afstand mellem virus vises ved klik på Branch Labels.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 105
Eksempel på genetiske afstande.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 106
Ved at holde musen over den grønne markering i Sequence View, vises information om de forskellige proteiner, som er markeret med annotationer i form af farvede pile.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 107
Uanset om man søger på NCBI via Geneious eller via webside, skal databasen være Protein Data Bank (pdb).
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 108
Søgeresultatet fra BLAST viser, at 8CTK har størst lighed med det søgte fra sekvensen med høj Bit-Score og lav E- værdi. Ligeledes passer beskrivelsen og proteinlængden.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 109
3D model af M-proteinet fundet ved BLAST-søgning. Ved at vende og dreje molekylet ses at det er globulært.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 110
M-proteinet som man kan se det i fanebladet Sequence View i Geneious Prime.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 111
Statistik over aminosyrernes sammensætning og egenskaber. Statistikvinduet findes ved klik på % yderst til højre under fanebladet Sequence View.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 112
Opbygningen af SARS-CoV-2.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 113
Genomet for SARS-CoV-2 fra Wuhan, hvor virus menes at stamme fra.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 114
Navngiv den udtrukne del af genomet.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 115
Baserne er valgt som uformaterede baser i RNA-koden.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 116
Mutationer i spikeproteinet simuleres ved at ændre i basesammensætningen.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 117
Funktionen Translate anvendes til at oversætte gensekvenser til proteiner.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 118
Mutationer er lavet som ændringer ved indtastning. Filerne navngives, så de begynder med 1 og 2 for at det i alignmentet, er filen uden mutationer, der er øverst.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 119
Zoom på en simuleret mutation.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 120
Tabel over mutationer.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 121
Aminosyrernes relative evne til at indgå i sekundærstruktur.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 122
Sequence View af proteinets primær- og sekundærstruktur. α-helix vises som lilla rør, mens β-foldeblade vises som gule pile.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 123
Smittevejen for SARS-CoV-2.
Når spikeproteinet bindes til ACE2-receptoren i lungerne, får det en protease til at spalte spikeproteinet.
Den resterende del af spikeproteinet trækker virus så tæt på cellemembranen, at virus kan fusioneres med cellemembranen.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 124
Markering af del af sekvens som, ved klik på Extract, kan udtrækkes som selvstændig fil.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 125
Alignment af de ekstraherede sekvenser. Læg mærke til, at de indsatte aminosyrer ligger i det område, hvor kløvningsitet er for de SARS-virus, der ikke umiddelbart smitter fra menneske til menneske.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 126
Dialogboks til sekvenssøgning.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 127
Søgeresultat på forward-primer.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 128
Søgeresultat på reverse-primer.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 129
Metode til at finde sekvensen for den anvendte reverse-primer.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 130
Spikeproteinet er vist med den brede del, der vender ud ad coronavirus, opad.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 131
Strukturformler for N-acetylglucosamin, α-d-mannose og α-l-fucose – forkortet hhv. NAG, MAN og FUC.
Illustrator: Hanne Wolff
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 132
Sekundærstruktur.
Illustrator: Lotte Thorup
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 133
Når musen holdes over et givent atom i strukturen, vises atomets placering. Her findes det gule svovlatom i cystein nummer 760 i A-kæden.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 134
Modellen af den del af spikeproteinet, der peger ud af virus. Proteinet er lavet som en spacefill-model, der viser proteinets overflade.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 135
Eksportér en genbanksekvens i *.fasta-formatet.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 136
Ret egenskaberne i *.fasta-filen til i denne dialogboks.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 137
Upload af *.fasta-fil. Sekvensen kan også kopieres og indsættes.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 138
Resultatet af en epitopundersøgelse. Formodede epitoper vises med et E, og jo mørkere sekvensen er, jo højere er sandsynligheden for, at det er en epitop.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 139
Epitopsandsynligheden for en given aminosyre findes ved at holde musen over aminosyren.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 142
Non-disjunction i meiosen.
Illustrator: Lotte Thorup
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 143
Efter non-disjunction dannes to diploide kønsceller, som smelter sammen og danner en tetraploid zygote, der vokser op til en tetraploid plante.
Det kaldes også autopolyploid artsdannelse.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 144
Antallet af homologe kromosomer i cellerne.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 145
Allopolyploid artsdannelse.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 146
U's trekant.
Hybridisering og dannelse af tetraploider inden for slægten Brassica (kål).
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 147
En allotetraploid plante indeholder et sæt kromosomer fra hver af de arter der har givet ophav til den – her vist som røde og blå kromosomer.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 148
De alignede proteinsekvenser overlapper hinanden, og er derfor homologe på det alignede stykke.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 149
Stamtræ der viser slægtskabsforholdene baseret på genet for A9-protein. Stamtræets udseende undestøtter U's trekant for polyploidi.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 150
Stamtræet viser, at B. carinata har sin maternelle arv fra B. nigra. B. oleracea har derfor leveret pollen til den oprindelige polyploid.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 151
Stamtræet viser, at B. juncea har sin maternelle arv fra B. rapa. B. nigra har derfor leveret pollen til den oprindelige polyploid.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 152
Sammenhæng i polyploiddannelsen i Brassica.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 153a
Kromosomtal hos Nicotiana.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 154
Søgning på glutaminsyntetase hos Nicotiana.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 155
Zoomfunktion der anvendes i forbindelse med stamtræer. Funktionen findes øverst til højre.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 156
Stamtræ for Nicotiana clevelandii. Ud fra de data der anvendes i dette forsøg (genet for glutaminsynte- tase) er den nærmeste slægtning N. quadrivalvis.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 157
Navnet der vises i Organism rettes for, at det nye navn vises i stamtræet.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 158
Arter der her deltaget i hybridisering.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 159
I Text View i Geneious Prime kan der findes information om baggrunden for kilden, og hvor den er publiceret.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5
Figur 160
Øverst i alignmentet er kromosom 2 hos menneske og herunder er 2A og 2B hos chimpanse. Regionerne på de to chimpansekromosomer er samlet hos menneske, så 2A-delen ligger først hos menneske og derefter 2B.
Illustrator: Elin Steffensen, Griffle
© Nucleus Forlag ApS • ISBN: 978-87-85244-05-5